U sezonu za koju će se ispostaviti da je poslednja fudbalska sezona stare SFRJ, čiji se raspad već neko vreme mogao jasno naslutiti, Partizan je ušao sa novim (starim) trenerom, Milošem Milutinovićem. Promena u igračkom kadru je, naravno, bilo, ali ne tako drastičnih kao godinu dana ranije. Od bitnijih igrača, otišli su Milko Đurovski, Spasić i Milojević, a najveća pojačanja bili su Slaviša Jokanović iz Vojvodine i Josip Višnjić iz niškog Radničkog. Start prvenstva bio je sasvim solidan za Partizan, u prvih 9 kola zabeleženo je 5 pobeda i samo jedan poraz (u 4. kolu, Partizan je bo slobodan). U narednih 5 kola, međutim, osvojen je samo jedan bod, pa je u tom trenutku Partizan na deobi 6. i 7. mesta sa Zemunom, sa po 12 bodova, već čitavih 8 manje od vodeće Crvene zvezde. Sledi zatim 5 uzastopnih pobeda, a jesenji deo sezone ipak završavamo porazom od Rijeke na svom terenu. Nakon prvog dela sezone smo drugi, sa 7 bodova manje od Zvezde, koja i dalje vodi.
Prvi deo sezone nam donosi i rano ispadanje u domaćem kupu, već u drugom kolu nas eliminiše Budućnost, a u kupu UEFA nismo bili loši, posle eliminisanja nejakog Hibernijansa sa Malte, te znatno ozbiljnijeg Real Sosijedada, ispali smo od vrlo jakog Intera Đovanija Trapatonija, sa Zengom, Klinsmanom, Bergomijem, te našim budućim trenerom Lotarom Mateusom.
I u drugom delu prvenstva Partizan igra slično kao u prvom, pretrpljeno je 5 poraza, svih 5 u gostima, i skoro da nema utakmice koju bi trebalo posebno istaći, osim, eventualno, ubedljive pobede nad Hajdukom od 4:0, u, pokazaće se, poslednjem međusobnom susretu dva nekada velika rivala. U poslednjem kolu, Partizan je bio gost Rijeke koja se borila za opstanak u ligi (barem se tako mislilo, raspad zemlje ipak još uvek nije bio sasvim gotova stvar), i ubedljivo je poražen sa 3:0. Tako je, eto, svoju poslednju utakmicu u ligi stare Jugoslavije, Partizan završio porazom, a na kraju prvenstva bio je treći.
